1965ൽ ഇന്ത്യ-ചൈന അതിർത്തിയിലെ സംഘർഷത്തിന് പിന്നാലെ ചൈനീസ് അനുഭാവമെന്നാരോപിച്ച് അന്നത്തെ പ്രമുഖ കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് നേതാക്കളെ രാജ്യസുരക്ഷാ നിയമമനുസരിച്ച് അറസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരുന്നു. വി എസും അറസ്റ്റിലായി. അന്ന് അദ്ദേഹം സിപിഎം കേന്ദ്രകമ്മിറ്റിയംഗവും സെക്രട്ടേറിയറ്റ് അംഗവുമായിരുന്നു. (VS Achuthanandan passes away)
പൂജപ്പുര ജയിലിലെ ചില തടവുകാർ വി എസിൻ്റെ നേതൃത്വത്തിൽ രാജ്യസുരക്ഷാ ഫണ്ടിന് സംഭാവന നൽകാനും ഇന്ത്യൻ സൈനികർക്ക് രക്തം ദാനം ചെയ്യാനും തീരുമാനിച്ചു. ഇതിനെ പാർട്ടിയിലെ തന്നെ മറ്റൊരു വിഭാഗം എതിർത്തു.
വി എസിനുണ്ടോ പേടി ? എന്നാൽ, വിവാദം ജയിലിന് പുറത്തേക്കും വ്യാപിച്ചു. തൽഫലമായി 1966 ഡിസംബറിൽ വി എസിനെ സെക്രട്ടറിയേറ്റിൽ നിന്നും നീക്കി.