ലോകപ്രസിദ്ധമായ ആറ്റുകാൽ ശ്രീ ഭഗവതി ക്ഷേത്രം പണ്ട് 'മുടിപ്പുര' ആയിരുന്നു. തിരുവിതാംകൂറിൽ ക്ഷേത്രപ്രവേശന വിളംബരം പുറപ്പെടുവിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് അവർണ്ണരെന്ന് മുദ്രകുത്തി മാറ്റിനിർത്തപ്പെട്ടവർക്ക് ഉൾപ്പെടെ നാനാ ജാതി മതസ്ഥർക്കും ആറ്റുകാൽ മുടിപ്പുരയിൽ ദർശനത്തിന് അനുവാദം ഉണ്ടായിരുന്നു. വിഷ്ണു തീർത്ഥൻ എന്ന സാത്വികനായിരുന്നു ആറ്റുകാൽ ക്ഷേത്രത്തിലെ ആദ്യ ബ്രാഹ്മണ ശാന്തിക്കാരൻ. ദിവാൻ ബഹദൂർ ജസ്റ്റിസായിരുന്നു ആറ്റുകാൽ ഗോവിന്ദപ്പിളളയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ 1897 ലാണ് മുടിപ്പുരയെ ക്ഷേത്രമാക്കിയത്.
പ്രതിഷ്ഠയില്ലാതെ പീഠത്തിൽ പട്ടു വിരിച്ച് അതിൽ വാൾ ചാരി വച്ച് പ്രതീകാത്മകമായി ഭദ്രകാളിയെ പൂജിക്കുന്ന ക്ഷേത്രങ്ങളെയാണ് 'മുടിപ്പുരകൾ' എന്ന് പറയുന്നത്. ദേവിയുടെ ചൈതന്യവാഹിയായ തിരുമുടി പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്ന സ്ഥാനം എന്നാണ് 'മുടിപ്പുര' എന്ന പേരു കൊണ്ട് അർത്ഥമാക്കുന്നത്. തിരുമുടി എന്നാൽ ദേവിയുടെ കിരീടം എന്നാണ് അർത്ഥം. മുടിപ്പുരകളിൽ സ്ഥിരപ്രതിഷ്ഠ ആയിരിക്കില്ല. ഇവിടുത്തെ പ്രതിഷ്ഠയെ ചലിക്കുന്ന വിഗ്രഹം എന്ന അർത്ഥമുള്ള 'ചരബിംബം' ആയിട്ടാണ് പ്രതിഷ്ഠിക്കുന്നത്. വരിക്കപ്ലാവിൽ കൊത്തി ഉണ്ടാക്കുന്ന ചരബിംബത്തെയാണ് 'ഭദ്രകാളി തിരുമുടി' എന്ന് പറയുന്നത്. തിരുമുടികൾ സാധാരണ രണ്ടു ഭാവത്തിലാണ് കൊത്തുന്നത്, ശാന്തരൂപത്തിലും രൗദ്ര ഭാവത്തിലും. ക്ഷേത്ര അതിർത്തിക്കുള്ളിൽ വളർന്ന വരിക്കപ്ലാവ് ആണ് മുടി കൊത്താൻ എടുക്കുന്നത്. അതിനെ 'മാതൃവൃക്ഷം' എന്നാണ് പറയുന്നത്. തെക്കൻ കേരളത്തിലെയും തമിഴ് നാട്ടിൽ കന്യാകുമാരി ജില്ലയിലെയും മിക്ക ദേവീ ക്ഷേത്രങ്ങളും ഒരു കാലത്ത് മുടിപ്പുരകളായിരുന്നു.
പണ്ട് ആറ്റുകാൽ മുടിപ്പുരയായിരുന്നു. തെക്കതും ഒരു ചെറിയ ചാവടിയും ഉണ്ടായിരുന്നു. മുടിപ്പുരയുടെ മുന്നിൽ കുഴിച്ചു നിറുത്തിയ തടിയൻ കമ്പി വിളക്കുകളും ഉണ്ടായിരുന്നുവെന്നാണ് രേഖകളിൽ പറയുന്നത്.
പിന്നീട് ക്ഷേത്രം നിർമ്മിച്ച് വരിക്ക പ്ലാവിന്റെ കാതലിൽ കൊത്തിയുണ്ടാക്കിയ ചതുർബാഹുവായ വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിച്ചതോടെയാണ് 'ആറ്റുകാൽ തെക്കതിൽ ദേവി' എന്ന പേരു മാറി 'ആറ്റുകാൽ അമ്മ' എന്ന് അറിയപ്പെട്ടു തുടങ്ങിയത്. അതോടെ പൂജകൾക്ക് അടുക്കും ചിട്ടയും വന്നു. ആചാരങ്ങൾ കർശനമായി പാലിച്ചു തുടങ്ങി. ഉപദേവതകളെയും പ്രതിഷ്ഠിച്ചു.
പില്ക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രത്തിനു കേടുപാടുകൾ സംഭവിച്ചു. ബദരീനാഥിലെ പൂജാരിയും പ്രസിദ്ധ ജ്യോത്സ്യനുമായിരുന്ന ശങ്കര ജ്യോത്സ്യര് അക്കാലത്ത് തിരുവിതാംകൂറിലുണ്ടായിരുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ കാര്മികത്വത്തിലായിരുന്നു പുനഃപ്രതിഷ്ഠ നടന്നത്. തടിയില് നിര്മിച്ച ചതുര്ബാഹുവായ വിഗ്രഹത്തില് നേപ്പാളിലെ ഗണ്ഡകീനദിയില് നിന്നുള്ള സാളഗ്രാമങ്ങള് നിറച്ചിരുന്നു. വാള്, പരിച, ശൂലം, കങ്കാളം എന്നിവ ധരിച്ച രൂപത്തിലാണു ദേവിയുടെ പ്രതിഷ്ഠ. പില്ക്കാലത്ത് ആറ്റുകാല് ഭഗവതി ക്ഷേത്രം ട്രസ്റ്റ്, ക്ഷേത്ര ഭരണം ഏറ്റെടുത്തു. അവിടുന്നിങ്ങോട്ടു പ്രസിദ്ധിയുടെയും പുരോഗതിയുടെയും ദിനങ്ങളായിരുന്നു. ദാരു വിഗ്രഹത്തില് സ്വര്ണം പതിപ്പിച്ചു. പൊങ്കാലയുടെ പ്രസിദ്ധി നാടെങ്ങും പ്രചരിച്ചു.